Windowsでgnuplotを使うには、wgnuplotをインストールするやり方と、cygwin版のgnuplotをインストールするやり方の2通りがあります。前者については詳細な説明がスタートガイドにありますので参考にして下さい。
gnuplotのバージョンは2013年5月31日現在、最新版が4.6.3、開発版は4.7です。
wgnuplotをインストールするには、圧縮ファイルをダウンロードしてきて解凍し、適当なフォルダに解凍したファイル群をコピーするだけです。また、最近のWindows版ではインストーラーつきのバージョン(gp***-win32-setup.exe)も手に入ります。入手先は↓こちら
※gnuplot4.4以降ではデフォルトのterminalがwxtターミナルになっているようです。wxtターミナルに関してはこちらを参照してください。