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基本設定や規定のコンパイラを変更したり、MakeIndexやバッチ処理の詳細を指定したい場合はメニューの「基本設定」から設定を変更します。
「基本設定」をクリックすると、以下のような画面が現れます。
DVIファイルやPDFファイルを作成時の挙動について設定できます。設定を次回起動時以降も有効にする場合は「設定の保存」ボタンをクリックします。
コンパイル関係の設定を行う場合は基本設定画面の「コンパイラの設定」をクリックします。
すると以下のような画面が現れます。この画面の左側のコンボボックスで、texやbibtexなどのコンパイラを選択できます。今の場合、上三つのボックスは無視してください（操作無効になっています）
設定を次回起動時以降にも有効にしたい場合は、「OK」を押す前に、「設定の保存」をクリックします。
MakeIndexの処理の設定は「MakeIndex Option:」のテキストボックス内で行います。このテキストボックスに書かれた内容がMakeIndexへの引数として渡されます。ただし、@@という文字列は現在のファイル名（Projectに属するファイルの場合はProjectのMain File名）に変換されてからMakeIndexに渡されます。また、改行を入れて複数行入力すると、複数回のMakeIndex処理が可能です。以下にMakeIndexを用いて索引と記号一覧を作成する場合の例を示しておきます。一行目は記号一覧の作成、二行目は索引の作成を行っています。（nomencl.istというファイルとline.istというファイルは適当にダウンロードしておく必要があります。）
-s nomencl.ist -o @@.nls @@.nlo
-r -c -s line.ist -o @@.ind @@.idx任意のバッチ処理を行いたい場合は「Batch commands:」のテキストボックス内に処理用のコマンドを記入しておきます。MakeIndexの場合と同様、@@という文字列は現在のファイル名（Projectに属するファイルの場合はProjectのMain File名）に変換されてからバッチ処理されます。複数行コマンドを書くと、それぞれの行のコマンドが順に処理されていきます。
例えば、デフォルト設定ではplatex @@.texなので、Ctrl+l Ctrl+cをした場合には「現在のtexファイルをplatexでコンパイルする」という処理になります。また、以下のように記入した場合は、「現在のtexファイルをtetexでコンパイルし、できたdviファイルをdvioutで開く」という処理になります。
tetex @@.tex
dviout @@.dvi